A mai templom helyén már az Árpád korban – az 1225-ben írott oklevelek szerint – virágzó apátság állt, amelynek védőszentje Szent Miklós püspök volt, aki az itt élő népeknek – a halászoknak, hajósoknak és a vízen járóknak – kedveit patrónusa volt. Ez az első templom a tatárjárás idején – 1241-42-ben – elpusztult.
A második templomot a hajdani apátság romjain a domonkos rendi szerzetesek építették, akik 1318-ban telepedtek le Felsővároson. Ők is Szent Miklósról nevezték el a szentegyházat, amely azután a 150 éves török uralom alatt teljesen megsemmisült.
A harmadik – mai – templomot az 1739-ben ide települt ferencesek, a minoriták építették fel. 1747-ben az új kolostort, majd 1754-től 1767-ig a templomot. Az új templomban ismét csak a Szent Miklós kultuszt akarták ápolni, így a védőszent ismét ő lett. Az építkezés körülményeiről keveset tudunk: a tervek Lechner Venceltől származnak, a kivitelezést Dobi János szegedi építőmester végezte. Az arányaihoz képest szinte gótikusán felnyúló templom már a későbarokk lehiggadt szerkezeti formáit, világosságát fejezi ki.
A templom berendezési tárgyaiból legértékesebbek a kézi faragású műemlék padok és más díszes faragványok, amelyeket a minorita szerzetesek készítettek. (Az egri minorita templomban szintén ugyanilyen kézzel faragott padokat találunk.) Igen értékesek a sekrestye szekrény és a főkapu figurális domborművei, amelyek Szent Miklóst, Assisi Szent Ferencet, Szent Kiliánt és Szent Bonaventúrát ábrázolják. A főoltár 1806-ból való, klasszicista stílusú. A Szent Miklós ábrázoló hatalmas oltárkép ismeretlen szerzőtől való.
A mellékoltárok közül a templommal egykorú az Assisi Szent Ferenc, a Páduai Szent Antal, a Szent Kereszt és a fájdalmas Szűz oltára. Mind a négy mellékoltár egyszerű, de gyönyörködtető barokk stílusban készült. Mindegyik oltár fölött két olajfestmény látható, amelyeket szerzőik nem szignáltak, tehát kilétük ismeretlen. A kórus alatt lévő Kis Szent Teréz oltárt 1928-ban állították fel. Szemben vele a lourdesi Szűzanya oltára 1939-ből való, a szobor ruskicai márványból készült.
A nemes faragású szobrok 1905-ben készültek, Szent István és Szent György szobra a főoltárt díszíti, a Jézus Szíve és a Mária Szíve szobrok a hajó elején, a Szent József és a Szent Antal szobrok a közepén állnak.
A színes ablakok ugyancsak 1905-ben készültek, a szentélyben lévő ablak Vajk megkeresztelkedését, a hajóban lévők Jézust a jó pásztort, Szent Antalt és Szűz Máriát jelenítik meg.
Az orgona 1928-ban készült el a pécsi Angster orgonagyárban. Az eredeti két manuálos 28 regiszteres pneumatikus vezérlésű orgonát 1999-ben építették újjá, mechanikus csúszkaládás 34 regiszteres hangszerré.
A templom alatt kripta van, ahova 1840-től 1897-ig, a nagy árvízig temetkeztek. (39 személyről tudunk). Jelenleg nem használható.
A templomot 1928-ban külsőleg felújították. Ekkor épült a főbejárat elé az oszlopos timpanonos előrész, amely jobban kiemeli a templom bejáratát és védi a művészi kivitelezésű főkaput.
1939-ben a minoriták letelepedésének 200 éves jubileuma alkalmából felújították a templomot – víztelenítették a falakat és kifestették a templomot. A mennyezeten és a szentély oldalfalán lévő freskókat Bicskei Karle János készítette. Ekkor helyezték el a keresztút 14 állomását ábrázoló domborművet az oldalfalakra. A keresztelőkút 1806-ban készült rózsaszínű márványból, jelenleg a sekrestye előterében áll.
1967-ben a templom felszentelésének 200 éves évfordulójára újabb felújítás történt az OMF felügyeletével, Nemcsics Antal festőművész és Nagy István grafikus közreműködésével. Ekkor készült el a „Tiszaparti Krisztus” oltárkép és a mennyezet ókeresztény emblémái. A szembemiséző oltár és az ambó 1968-ban készült, dr. Ijjas József püspök úr szentelte fel.
Sok éves kihagyás után 1999-től ismét a minorita atyák gondozták a templomot ás látták el a felsővárosi hívek lelki gondozását egészen 2021 decemberéig.
2022. januárjától a plébánia ellátását ismét a Szeged-Csanádi Egyházmegye vette át.
Templomunk harangjai
Templomunk orgonája
Az 1767-re újonnan épült és felszentelt Szent Miklós templomban a minoriták rögtön gondoskodtak első orgonájukról, majd 1771-ben egy kétmanuálos, tizennégy regiszteres nagyorgonát építettek az első helyébe. Ennek az orgonának az építője ismeretlen, bár Hoch Bertalan orgonatörténeti kutatásaiban Podkoniczky Mártonnak tulajdonítja a hangszert. Végül 1928-ban az Angster gyár új, pneumatikus orgonát készített a barokk hangszer helyére. Ezt a hangszert éveken keresztül Andresz Frigyes tartotta karban, derül ki a plébánia irataiból. 1975 körül Szeidl János javította és a Vox Humana regisztert Cimbellre cserélte a második manuál regiszter állományában.
1996 és 1999 között ezt az orgonát Koloss István orgonaművész tervei alapján, a szegedi Pusker János vezetésével (Toccata Bt.) újjáépítették, bővítették, mechanikus traktúrát és új, kétmanuálos játszóasztalt kapott, a templom színvilágával egyező orgonaszekrényt fehérre festették. Sajnos néhány év használat bebizonyította a hangszer tervezési és kivitelezési hibáit.
2018-ban, az orgona építésének 90. évfordulóján kezdetét vették a felújítási munkálatok, melyeket a hívek adományaiból és a plébánia bevételéből finanszíroztak. Az új anyagok és alkatrészek beépítésével Csibi Balázs sóskúti orgonaépítőt bízták meg, Nagy Péter szegedi orgonaművész közreműködésével. Az orgona 2 manuálos, csúszkaládás, elektromos vezérlésű, 32 önálló regiszterrel bír, melyből 5 értékes nyelvsípsor. A játszóasztal francia romantikus stílusú. 2019. Június 16-án, Szentháromság vasárnapján ünnepi szentmise keretében Dr. Kovács József, a Szeged-Csanádi Egyházmegye általános helynöke áldotta meg a felújított orgonát. Közreműködött a templom Cantante Domino Kórusa, Könyves Péter kántor vezetésével.
Felújítási munkálatok
2017-ben volt 250 esztendeje, hogy megépült templomunk. Plébániánk közössége a nagy évfordulóra készülve kezdte elvégeztetni a külső-belső felújítást.
A georadaros mérést követően ami eddig csak feltevés volt, valósággá vált: megtaláltuk és bejártuk templomunk szentélyének altemplomát.
A felsővárosi templom állapotfelmérésével kezdődtek a munkálatok 2011 végén. A Szegedi Tudományegyetem és az Atikövizig munkatársai georadarral is megvizsgálták az épületet, s már ekkor altemplomra utaló jeleket fedeztünk fel.
„A feltárási munkánk eddigi legnagyobb és legjelentősebb állomásához értünk kedden azzal, hogy a közös munka eredményeként megtaláltuk a keresett altemplomot. Az együttműködő szakértő csapat örömét csak tetézi, hogy a templommal együtt 1760 táján épített és az 1870-es években lezárt, azóta gyakorlatilag elfeledett térbe bejutva belülről felfedeztük a levezető lépcsőt is. Az altemplom meglepően jó állapotban van és eddigi félelmeinkkel ellentétben nincs feltöltve, gyakorlatilag felemelkedve lehet sétálni a térrendszerben. A korábbi műszeres vizsgálatok által már jelzett helyen egy nagy összefüggő tér van, amelyet különböző állapotú kripta jellegű sírhelyek tagolnak. A templomtér bal hátsó részén kezdett szabályos feltárási munka részeként először egy 40×40 cm méretű födémáttörést készítettünk, amelyen keresztül már le lehetett ereszkedni a feltárult térbe” – írt a felfedezésről Darvas Imre okleveles építészmérnök, a felújítási munkák koordinátora, aki a munkálatokról internetes naplót is vezet: